区别是：内容不同，范围不同。
1、内容不同：HACCP体系认证是指企业在食品生产、加工、储存等环节的食品安全管理体系是否符合相关标准的认证，而食品内审员证则是指企业内部对食品安全管理体系进行审核的证书。
2、范围不同：HACCP体系认证主要适用于食品生产、加工、储存等环节的企业，而食品内审员证则适用于所有有关食品安全管理体系的企业。
