山东省银行业协会的最高权力机构是会员大会。协会设理事会,为会员大会执行机构。协会会长分别由四家商业银行山东省分行行长、交通银行济南分行行长、恒丰银行董事长和山东省农村信用社联合社理事长轮流担任。山东省银行业协会下设秘书处,是协会日常办事机构,负责贯彻落实理事会制订的工作计划,组织开展各项活动。秘书处下设自律维权部、业务协调部、信息宣传部、培训工作部、综合部六个职能部门。