企业自然人电子税务局(扣缴端)不可以一个人都没有，在个税申报系统申报。
根据查询相关公开信息可知，企业自然人电子税务局申报扣缴端口不论集团公司还是子公司必须以公司全体人员信息进行提交，通过登录个税申报系统按照要求输入公司名称、纳税人识别号和申报密码即可，因此企业自然人电子税务局(扣缴端)不可以一个人都没有，在个税申报系统申报。
扣缴端申报是当月薪酬产生发生额，就需要进行申报。
