我仅说说我对两个词在疑问句中作语气助词的区别。
“吗”字的疑问句提出的问题往往是带有一种预设的答案，回答这样的问题只要对答案的是与否做出判断即可。
如：这书是你的吗？（回答是与不是）
天亮了吗？（回答亮了或没亮）
你过得好吗？（回答好不好）
“呢”字的疑问句提出的问题里边往往不带有供对方判断的预设答案。
如：这书是谁的呢？
现在是什么时候呢？
你过得怎么样呢？
