超期未认定一般纳税人,税务机关发现后从何时开始认定

从何时开始认定，主要取决于以下几个因素：

1、纳税人的年应税销售额：根据《增值税一般纳税人登记管理办法》，年应税销售额超过财政部、国家税务总局规定的小规模纳税人标准（以下简称“规定标准”）的，除本办法第四条规定外，应当向主管税务机关办理一般纳税人登记。

2、纳税人是否符合第四条规定：第四条规定了下列纳税人不办理一般纳税人登记：（一）按照政策规定，选择按照小规模纳税人纳税的、（二）年应税销售额超过规定标准的其他个人。

综上所述，如果超期未认定一般纳税人的情况是由于年应税销售额超过规定标准，并且不符合第四条规定，并且未按时办理登记手续，那么主管税务机关发现后从次月起开始认定为一般纳税人，并按照增值税一般计算方法计算应纳税额。