注册资金100万与判断是小规模纳税人还是一般纳税人没有直接关系。税务机关核定纳税主体是一般纳税人还是小规模纳税人时,主要依据的是年销售额的多少。
【法律依据】
《增值税暂行条例实施细则》第三十四条
有下列情形之一者,应按销售额依照增值税税率计算应纳税额,不得抵扣进项税额,也不得使用增值税专用发票:
(一)一般纳税人会计核算不健全,或者不能够提供准确税务资料的;
(二)除本细则第二十九条规定外,纳税人销售额超过小规模纳税人标准,未申请办理一般纳税人认定手续的。